Khu du lịch sinh thái Bến En rộng gần 15.000 ha  ẩn chứa nhiều điều bí ẩn thách thức khách du lịch khám phá. Một trong những nét đẹp thu hút nhiều tò mò đó là hang Ngọc. Sở dĩ hang động này có tên Ngọc bởi ở giữa hang có một khối đá lấp lánh chất liệu từ thạch nhũ từ thời xa xưa gắn với truyền thuyết huyền bí thu hút sự tò mò của khách du lịch.

Với diện tích gần 15.000 ha, Vườn Quốc Gia Bến En là quần thể sinh thái đặc biệt khi hội tụ đầy đủ nét đẹp thiên nhiên: cây cối, động vật, sông nước, núi đồi, hang động… Trong đó nổi bật nhất phải kể đến là dòng sông Mực hiền hòa; động Hang Ngọc huyền bí và hệ thống hồ nước rộng khoảng 4000 ha bao gồm 21 đảo lớn nhỏ khác nhau được ví như 21 viên ngọc Lục bảo giữa trời mây. Bên cạnh đó, nơi đây còn có hệ sinh thái đa dạng với nhiều loài động thực vật quý hiếm như khỉ mắt đỏ, hồng hoàng, vượn đen má trắng, gấu, lim xanh... Đặc biệt nơi đây mới phát hiện được 3 loài thực vật mới trên thế giới là Sâm cánh Bến En, Găng Bến En và Đậu khấu  Bến En.

Đến với Vườn Quốc gia Bến En du khách có thể thăm quan đền Đức Ông, chùa Phủ Sung, khám phá nét đẹp văn hóa bản địa của cộng đồng các dân tộc, thưởng thức rượu cần, cơm lam với tiếng nhạc cồng chiêng hát Khặp, tham gia đốt lửa trại hoặc trải nghiệm khu Bảo tàng - nơi lưu giữ những cổ vật, những di tích lịch sử, các tiêu bản của các loài động thực vật trong rừng Bến En, mua cho mình những đồ kỷ niệm như những chiếc vòng xâu chuỗi hạt lấp lánh mà mộc mạc, chiếc nón lá được quét sơn thơm phức hay những chiếc mũ cọ giúp che nắng mưa… những sản phẩm thủ công của người dân địa phương.

Với những giá trị tài nguyên du lịch trên, Vườn Quốc gia Bến En có thể phát triển nhiều loại hình du lịch khác nhau như du lịch sinh thái, du lịch tham quan danh lam thắng cảnh, du lịch trải nghiệm…

Những năm gần đây, Ban Quản lý Vườn Quốc Gia Bến En đã tổ chức nhiều tour du ngoạn trên sông bằng xuồng (hiện tại có 02 xuồng) đã thu hút được đông đảo khách du lịch đặc biệt vào các ngày nghỉ lễ và cuối tuần. Du khách vừa ngồi du thuyền ngắm cảnh non nước hữu tình hai bên bờ lại vừa được thưởng thức không khí trong lành dễ chịu, tắm nắng thư giãn, thưởng thức các món ăn đặc sắc nơi đây. Vào những ngày thu mát mẻ, ở sông Mực có tổ chức lễ hội chèo thuyền và bơi lội. Mặt hồ tĩnh lặng lại trở nên sôi động bởi những hoạt động vui vẻ, bổ ích có sự góp mặt của người địa phương và khách du lịch.