Với mong muốn kế thừa và phát huy Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử của Phật hoàng Trần Nhân Tông, Đại tướng Phạm Văn Trà - nguyên Bộ trưởng Bộ Quốc phòng – đã đề xuất xây dựng Thiền viện Trúc Lâm Phương Nam. Được khởi công vào ngày 16/7/2013 và khánh thành vào ngày 17/5/2014 trên diện tích 38.016m², Thiền viện Trúc Lâm Phương Nam mang phong cách kiến trúc truyền thống Việt Nam, bao gồm các hạng mục công trình chính theo mô hình Phật giáo thời Lý - Trần như: chính điện, nhà tổ, tháp chuông, tháp trống.

Cổng chính của thiền viện nổi bật bởi vòm mái vuốt cong hình đầu rồng cách điệu, hai bên đặt tượng Vi Đà Hộ Pháp (Ông Thiện) bên trái và tượng Tiêu Diện Đại Sĩ (Ông Ác) bên phải. Qua cổng chính, trên con đường gạch rộng rãi dẫn đến chính điện, du khách thấy 2 hàng tượng các vị La Hán bằng đá hoa cương đặt song song. Dưới chân mỗi bức tượng đều khắc tên những vị anh hùng có công bảo vệ và xây dựng đất nước. Phía bên phải sân chính điện là tháp chuông mái cong cao vút được mô phỏng theo lối kiến trúc tháp chuông ở chùa Keo (Thái Bình), bên trong đặt đại hồng chung (chuông đồng) nặng 1,5 tấn. Bên trái sân là tháp trống với giá gỗ đặt trống được chạm trổ công phu, tinh xảo, mang tính nghệ thuật cao.

Chính điện của thiền viện được dựng bằng 44 cột gỗ lim đặt trên những tấm tán bằng đá xám vân mây, chạm trổ hình hoa sen cách điệu. Trên mỗi cột có khắc những câu liễn đối toát lên sự trang nghiêm. Giữa chính điện là tượng Phật Thích Ca bằng đồng, nặng 3,5 tấn, tĩnh tọa nơi tòa sen uy nghi. Bên phải là bệ thờ tượng Bồ Tát Văn Thù, Đức Chúa Ông; bên trái là bệ thờ tượng Bồ Tát Phổ Hiền, Đức Thánh Hiền. 

Ngoài ra, trong khuôn viên Thiền viện còn có các hạng mục khác như: Quan Âm điện, Di Lặc điện (nhà Thủy tạ), chùa Một Cột, giảng đường, khách đường, trai đường, thư viện, phòng Đông y Nam dược...