Đỉnh Ngọa Vân nằm ở sườn phía nam của núi Bảo Đài (còn gọi là núi Vây Rồng), thuộc dãy Yên Tử, trên độ cao trung bình từ 588 – 644m so với mặt nước biển. Do phía bắc núi Bảo Đài được che chắn bởi dãy núi cao, nên hơi ẩm từ biển thổi vào, bị chặn lại, ngưng tụ thành mây, khiến cho sườn phía nam của núi, trong đó có đỉnh Ngọa Vân quanh năm mây phủ, tạo nên khung cảnh mờ ảo pha lẫn huyền bí. Vì vậy, đỉnh núi và ngôi chùa tọa lạc tại đây có tên Ngọa Vân (có nghĩa là mây nằm).

Chùa Ngọa Vân được xây dựng vào thời nhà Trần, là một trong những công trình tiêu biểu nằm trong Khu di tích lịch sử nhà Trần tại Đông Triều. Sau thời gian tu hành khổ hạnh và sáng lập nên thiền phái Trúc Lâm tại Yên Tử, Vua Trần Nhân Tông xuống núi, đi khắp nơi giáo hóa dân chúng thực hành thập thiện, ban thuốc chữa bệnh cho nhân dân. Tháng 5 năm Đinh Mùi (1307), ngài lên núi Bảo Đài, chọn đỉnh Ngọa Vân dựng am làm nơi tu hành. Giờ Tý ngày mùng 3 tháng 11 âm lịch năm Mậu Thân (1308), ngài hóa Phật tại am Ngọa Vân, kết thúc trọn vẹn quá trình tu luyện của mình. Ngọa Vân vì thế trở thành thánh địa của Phật giáo Trúc Lâm.

Sau khi Vua Trần Nhân Tông hóa Phật, cùng với sự phát triển mạnh mẽ của Thiền phái Trúc Lâm, Thiền sư Pháp Loa, người nối dòng của Thiền phái đã xây dựng Ngọa Vân từ chỗ chỉ là một am nhỏ trở thành một quần thể chùa tháp lớn trên núi Bảo Đài, bao gồm nhiều cụm, điểm công trình như: cụm am – tháp, chùa chính, cụm Thông Đàn – Đô Kiệu, khu Ngọa Vân 1 và 2. Trải qua những biến cố, thăng trầm của lịch sử, nhiều công trình ở Ngọa Vân đã bị hoang phế, chỉ còn lại một số di tích như: khu Tàn Lọng, phủ Am Trà, dốc Đô Kiệu, Thông Đàn, khu Đá Chồng, khu Ba Bậc..., trong đó nổi bật là khu chùa – am Ngọa Vân.

Nhận thấy những giá trị quan trọng của chùa – am Ngọa Vân đối với lịch sử phát triển của Phật giáo Việt Nam, thị xã Đông Triều đã phối hợp với Ban Trị sự Giáo hội Phật giáo tỉnh Quảng Ninh trùng tu, tôn tạo và phát huy giá trị của di tích Ngọa Vân. Hiện, khu vực chùa – am Ngọa Vân bao gồm hạng mục kiến trúc như: nhà Tổ (chùa chính), am Sơn Thần, am Ngọa Vân...

Nhà Tổ là nơi thờ Phật và Tam Tổ thiền phái Trúc Lâm, có mặt bằng hình chữ nhật với diện tích 50m², 3 gian lợp ngói, tường xây bằng đá. Tại đây hiện an vị tượng Phật hoàng Trần Nhân Tông, Tôn giả Pháp Loa, Tôn giả Huyền Quang, Văn Huê, Phổ Hiền, Phật tổ Thích ca. Các bức tượng đều được đúc bằng đồng với chiều cao mỗi bức từ 1,3m đến 2,2m. Cạnh nhà Tổ hiện còn 2 tháp đá được xây bằng đá gạo và đá bán laterit (đá ong). Đó là tháp Phật Hoàng chứa xá lỵ của Vua Trần Nhân Tông và tháp Đoan Nghiêm chứa xá lỵ của Thiền sư Đức Hưng, đệ tử Thiền phái Trúc Lâm. Trước mặt tháp Phật Hoàng có tấm bia đá hình chữ nhật được dựng năm Minh Mệnh thứ 21 (1840).

Cách nhà Tổ khoảng 10m về phía đông, am Sơn Thần (nơi thờ thần núi) là kiến trúc có mặt bằng hình chữ nhật với diện tích 9,2m², mái cuốn vòm bằng gạch. Phía trước am Sơn Thần dựng tấm bia đá được dựng năm Vĩnh Thịnh thứ 3 (1707) ghi lại quá trình trùng tu chùa Ngọa Vân. Có kiến trúc giống am Sơn Thần, am Ngọa Vân chính là nơi Vua Trần Nhân Tông viên tịch. Theo truyền thuyết, khi nhập Niết bàn, Phật hoàng ở tư thế sư tử nằm trên một tảng đá lớn tại am. Tảng đá này ngày nay được gọi là đá Niết bàn, có chiều dài 4,4m, rộng 3,65m và cao 2,44m.

Để đến di tích chùa Ngọa Vân, ngoài hai lối mòn lên núi, du khách còn có thể sử dụng hệ thống cáp treo có chiều dài khoảng 2km. Cùng với đó, tuyến đường kết nối di tích, danh thắng Yên Tử (thành phố Uông Bí) với Khu di tích lịch sử nhà Trần tại Đông Triều cũng tạo điều kiện thuận lợi cho nhân dân, phật tử và du khách thập phương tham quan, chiêm bái thánh địa của Phật giáo Trúc Lâm.

Chùa – am Ngọa Vân được Bộ Văn hóa - Thông tin (nay là Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch) công nhận là Di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia năm 2006.