Ngày 3/12/1900, lễ thánh Phanxicô Xaviê, Đức cha Mossard, giám mục Sài Gòn, đã đến làm phép đặt viên đá đầu tiên xây ngôi thánh đường dành cho người Hoa tức nhà thờ Phanxicô Xaviê ngày nay. Ngày10/1/1902, lễ cung hiến (khánh thành) trọng thể ngôi thánh đường đã được tiến hành. Sau khi xây dựng nhà thờ, cha sở Tam Asson  (Đàm Á Tô) còn xây được một trường học, nhà nuôi trẻ, một nhà nội trú, một số nhà ở cho thuê.

Năm 1934, Cha Tam qua đời, mai táng ngay tại khu vực tường cửa vào nhà thờ. Do đó, dân gian thường gọi là nhà thờ Cha Tam. Năm 1990, tháp chuông nhà thờ được sửa lại và cung thánh được tân trang.