Năm 1948, để tránh những trận càn quét của thực dân Pháp cũng như nuôi giấu cán bộ cách mạng, giấu tài liệu, vũ khí, người dân ở hai xã Tân Phú Trung và Phước Vĩnh An (huyện Củ Chi) đã đào những hầm, đường hầm ngắn trong khu vực đất sét pha đá ong bởi có độ bền chắc, tránh sụt lở. Sau đó, việc đào hầm được phát triển rộng ra các xã khác.

Từ 1961-1967, nhằm đẩy mạnh chiến tranh du kích, chống lại những trận càn quét, đánh phá ác liệt của Mỹ - Ngụy, người dân các xã huyện Củ Chi đã nối các hầm, đường hầm thành một trục đường chính, gọi là đường “xương sống” rồi đào thêm những địa đạo nhánh thông với đường “xương sống” để tạo thành một hệ thống địa đạo liên hoàn.  

Chỉ bằng những dụng cụ hết sức thô sơ, quân và dân Củ Chi đã tạo nên 250km đường hầm dọc ngang trong lòng đất, nối liền các xã, ấp với nhau, có đường hầm dẫn ra sông Sài Gòn, phòng tình thế nguy kịch có thể qua sông sang vùng căn cứ Bến Cát (Bình Dương). Địa đạo còn được trang bị những nút chặn để ngăn chất độc hóa học, lỗ thông hơi trổ lên mặt đất lấy không khí, bên trên ngụy trang như ụ mối đùn. Các cửa lên, xuống địa đạo được thiết kế thành ụ súng bắn tỉa rất linh hoạt, xung quanh bố trí chiến hào, ụ chiến đấu, hầm chông, hố đinh, hố mìn chống xe tăng và mâm phóng bom bi chống máy bay trực thăng.

Địa đạo có chiều sâu từ 3-10m, gồm 3 tầng. Tầng 1 cách mặt đất 3m, chịu được sức công phá của đạn, pháo, sức nặng của xe tăng bọc thép. Tầng 2 cách mặt đất 5m, chịu được sức công phá của bom cỡ nhỏ. Tầng 3 cách mặt đất từ 8 đến 10m là nơi trú ẩn an toàn. Chỗ lên xuống giữa các tầng có nắp hầm bí mật. Bên trong địa đạo được bố trí như một làng quê thu nhỏ với khu bệnh xá; khu bếp Hoàng Cầm (bếp giấu khói trong đất); giếng ngầm cung cấp nước sinh hoạt cho toàn hệ thống địa đạo; khu chứa vũ khí, lương thực, nước uống; khu hội họp; khu nuôi dưỡng thương binh; khu trú ẩn; khu chiếu phim…

Từ năm 1968, địch liên tục mở các cuộc càn quét ác liệt đánh phá Củ Chi. Tuy nhiên, hệ thống địa đạo vẫn được củng cố và trở thành địa điểm tập kết cho các quân đoàn, đơn vị chủ lực tiến vào giải phóng Sài Gòn, kết thúc thắng lợi cuộc kháng chiến chống Mỹ vào ngày 30/4/1975.

Địa đạo Củ Chi được bảo tồn ở hai địa điểm là: địa đạo Bến Dược (từng là căn cứ Khu ủy, Bộ Tư lệnh Quân khu Sài Gòn - Chợ Lớn - Gia Định) tại ấp Phú Hiệp, xã Phú Mỹ Hưng và địa đạo Bến Đình (từng là căn cứ huyện ủy Củ Chi) tại ấp Bến Đình, xã Nhuận Đức.

Khi đến thăm mảnh đất được mệnh danh “đất thép thành đồng” này, du khách sẽ thấy các hướng dẫn viên có trang phục như thời chiến tranh (nam mặc đồ giải phóng, đội mũ tai bèo; nữ mặc áo bà ba đen, quàng khăn rằn, đi dép lốp) đồng thời có dịp trải nghiệm cuộc sống dưới địa đạo như những cư dân thực thụ trước đây.

Địa đạo Bến Dược và Bến Đình đã được công nhận là di tích lịch sử văn hóa cấp quốc gia vào năm 1979 và năm 2004.