Bảo tàng Cội nguồn Phú Quốc được tạo dựng từ niềm đam mê, sự cố gắng không ngừng nghỉ và nhiệt huyết cháy bỏng của anh Huỳnh Phước Huệ 37 tuổi - một người con của đảo ngọc - là hướng dẫn viên du lịch bôn ba khắp nơi trên đất mẹ Phú Quốc. Bảo tàng Cội nguồn đã trở thành bảo tàng tư nhân duy nhất lưu giữ, tái hiện lại lịch sử hào hùng của hòn đảo ngọc xinh đẹp này

Toàn bộ bảo tàng Cội Nguồn có tổng diện tích lên đến 6 hecta được tận dụng để xây dựng theo ý nghĩa, nội dung trưng bày từng tầng: 

Tầng 1: Điều kiện tự nhiên và sinh vật của đảo  

Tầng 2: Lịch sử khai phá và quá trình bảo vệ phát triển Phú Quốc.  

Tầng 3: Sưu tập khảo cổ thể hiện nét đẹp văn hoá biển đảo. 

Tầng 4: Giới thiệu cổ vật được vớt lên từ tàu đắm phía Đông đảo  

Tầng 5: Trưng bày chuyên đề về cuộc sống ngư dân trên đảo 

Tầng 6: Trưng bày ngoài trời.